尽管扎兰顿将军以人种优越学的观点认为自己不会重蹈前任在巴达维亚城外失败的教训，尽管出战的荷军总兵力远超过华夏联军，然而华夏武成十六年四月十八日辰时初爆发的椰城会战还是出现了一边倒的局面。
那些匆忙间征召的土兵根本不堪一击，在乱糟糟的冲锋遭到夏军火炮及火铳的次第打击后，甚至还没有进入白刃战阶段就已经土崩瓦解了，只有以德意志雇佣兵为核心的原殖民军还坚持了一会，但在己方败兵的牵动、冲击下，很快也溃不成军。
早就有所预料的刘文来旋即指挥部队穷追猛打，在七百多游骑探哨组成的龙骑兵面前，把背后露给夏军的荷兰人、土著兵横尸遍野、血流成河。更为让荷军惊恐万分的是，逃着逃着，他们居然发现夏军阻击部队已经提前包抄到位堵在己方退路上了。
走投无路的扎兰顿将军，在得到保证荷兰军官生命安全及允许赎身的许诺后，别无选择的率着唯一完整的残军集团计二千余人向夏军投降，至此椰城会战宣告结束。
是役，华夏联军共毙伤俘荷兰军官二十七名、德意志雇佣兵一千七百余名、土著兵八千二百余名，缴获8磅、9磅野战炮十五门、军马六十余匹。唯一美中不足的是有大约四百名德意志雇佣兵和一千一百名土兵拼死突破夏军阻击，逃回了巴达维亚城堡，另有脚步甚快的六千余名土兵抢先一步逃往周边乡村并进而逃亡爪哇内陆，让夏军无法尽了全功。
扎兰顿的失利让全巴达维亚的荷兰人惊恐起来，不得已，巴达维亚总督安森范西斯德万伦迪诺只好抢在夏军围城之前向爪哇各地的荷军要塞通报战局，寻找杨萨克兰德生海军中将，请他务必寻找机会击破华夏海军，解救巴达维亚。
万伦迪诺总督的传令兵刚刚出发，夏军便驱赶着八千多俘虏出现在巴达维亚城堡外，并当着满城的荷兰军民面实施了十一抽杀，血淋淋的首级垒砌的京观让无数荷兰绅士当场晕倒。随后夏军军使登城劝降，并明确发出“拒不投降者杀”的威胁。
荷兰人以需要评议会决定为由试图拖延时间，对此，夏军一方面给予两天时间考虑，另一方面则驱使一干俘虏开始在巴达维亚城堡外围挖掘壕沟做围困和进攻的准备。
巴达维亚城堡内有足够五、六千人吃上一年的粮食，城防炮更是多达三十余门，再加上还有扼守海港的要塞做掎角之势，因此心存侥幸的荷兰人最终选择了死守。
刘文来于是通告水师方面，先打掉海港炮台，以杜绝荷兰人的侥幸心理。
夏军巡洋舰装备十八分短炮和十五分长炮，对付要塞是最犀利的武器，不过用木壳的巡洋舰来对付石块垒砌的海防要塞，是一种不合算的交换，所以常天远便拿出了新式武器。
所谓新式武器，一共有两种。一种是夏军刚刚开始推广的火箭，这种火箭在安阳会战中大放异彩，最终使得夏军兵不血刃的拿下彰德府城，因此很快为兵部采纳为水陆两师标准装备；另一种是大口径臼炮。这两种武器都装载在临时赶制出来的单桅纵帆船上，可以一直逼近到海岸炮射程以内的极近距离开火，以如今的火炮技术，守军根本连瞄准这种高速小船都做不到，更不要说能精确打击、远距离摧毁了。
什么？单桅纵帆船不能远航。这是因为补给上的限制，但此役有超过二十艘二万料以上级别的重型军输船输运补给物资，急就的单桅纵帆船自然不用担心无法越过大洋远征。
不过常天远的这两种新式武器的使用效果显然没有想象中的那么好——大口径臼炮虽然威力不小，但一时半会还无法摧毁海防要塞坚固的城墙，而新式火箭也无法对全石质的要塞产生致命的威胁——在这种情况下，从陆路方面进攻就从辅助选项重新变成了主选项。
标准棱堡结构的巴达维亚港要塞原本有守军三百人，扩编后又增加到八百人，虽然不能跟主城堡相比，但足以应付无枪无炮的土著人和力量有限的英法葡等国殖民者。正是鉴于城堡的坚固、守军力量充足，因此夏军还是用针对棱堡的标准战法掘进壕沟。看着一天天逼近的壕沟，要塞守军心急如焚，但城外夏军兵强马壮，根本无法突围，荷军只好坐以待毙，整日祈求几乎不可能出现的欧洲援军尽早抵达。
然而巴达维亚主城堡和海港要塞的荷军都没有想到，城外的夏军其实只是在虚张声势。
事实上，此时包围巴达维亚海港要塞的华夏联军不过只有安南军三个团及龙骧军第六师中垒团；而在巴达维亚主城堡外的华夏联军也只是越南军三个团、龙骧军第二师一个团、龙骧军第六师炮军团等三千余人而已；主力夏军已经海运到了泗水外围；至于参战的十团神策军则兵分两路在当地侨民的指引下分别向井里汶、茂物等地进攻前进。
泗水的荷兰守军只有不足六百人和八门中小口径火炮，其中海岸炮台不过只有2门12磅海岸炮，根本无法应对夏军来自海面上的攻击。因此在夏军三层炮甲板巡洋舰的十五分长炮摧毁炮台后，泗水荷军很快便竖起了白旗。
接受了泗水荷军投降之后，夏军旋即登陆巴厘岛、廷加群岛、龙目岛、松巴哇岛等岛屿，对岛上各处荷军要塞实施进攻，其中能立刻攻克的就立刻攻克，不能立刻攻克的就长期围困——凭借着夏军水师的巨大优势，将荷兰联合东印度公司在东印度群岛的据点逐一拔除。
夏军表现的强大实力让饱受荷兰人殖民之苦的爪哇土著领主们看到了希望，纷纷派人前来联络。夏军便顺势与万丹、马打蓝这两个爪哇最主要的苏丹王国签订宗藩条约，以允诺放弃原本荷兰殖民者强行设定的税权改以数目较少的朝贡、保护两国领土完整、不干涉两国内政等相对温和的条款，继承了荷兰联合东印度公司大部分遗产并攫取了巴达维亚、三宝垄、泗水、芝拉扎等爪哇港口和整个东努沙登加拉群岛的主权。
此外根据华夏的建议，马打蓝苏丹国与万丹苏丹国达成了边境划分的协定。两国随后将以梭罗河为界，以西的爪哇地区属于万丹苏丹国、以东属于马打蓝苏丹国；另外，马都拉岛、巴厘岛、龙目岛、松巴哇岛等西努沙登加拉群岛也归属马打蓝苏丹国所领；
而几乎就在同一时间段内，苏禄水师方面也大部拔除了荷军在德拉地、安汶、班达群岛等处的据点，并与德拉地苏丹国签订了宗藩条约，约定了彼此的国境，正式取代荷兰联合东印度公司掌握整个香料群岛及荷属伊里安查亚地区。
五月十二日，在夏军的帮助下，戈阿苏丹国收复了望加锡。
戈阿苏丹艾德阿贡旋即与华夏特使李龙正式签订宗藩条约，正式割让米纳哈萨半岛及托米尼湾内全部岛屿予华夏；并约定在马鲁古海一侧，戈阿苏丹国领有曼涯群岛、华夏领有苏拉群岛，两国于两处群岛之间的中线划分疆域；在东南班达海方向，除土干比西群岛以外的所有岛屿属于华夏；在佛罗勒斯海方向，塞拉亚岛以南均为华夏领地；在西部望加锡海峡，两国以海峡中线为界，以东岛屿属于戈阿，以西属于华夏在婆罗洲的都护府。
随后，李龙又代表马打蓝苏丹国与戈阿苏丹国签订条约，规定甘妮安群岛、廷加群岛、萨巴拉纳群岛以南海域属于马打蓝苏丹国，以北为戈阿苏丹国领海，当然以上海域都对华夏开放，华夏船只无论军用战舰还是民间商船都有无条件的自由通行权。
得知夏军已经推进到松巴海峡附近后，貌似中立的葡萄牙人认为荷兰联合东印度公司全面失败已经成为定局。因此，为了不让华夏获得撕毁《凌牙门条约》的借口，不再骑墙的帝汶管领便以中立为名，将正在古邦港休整的荷军舰队驱逐出港。
古邦原本是荷兰人的地盘，当初是作为拉拢对方的砝码转让给葡萄牙人的。如今却被往日的盟友所驱逐，这让荷兰人不禁怒火万丈。然而此时若是与葡萄牙人翻脸的话，或多或少会给爪哇舰队带来一些损失，这是大敌在侧的荷兰人所不愿意看到的，因此兰德生中将还一众荷兰船长们还是忍住了报复的，率舰队离港而去。
离开古邦港之后，爪哇舰队高层发生了一次争执。部分船长和指挥官认为不能继续东躲下去了，只有举行海上会战才能改变眼下不利的局面；而另外一部分指挥官认为，夏军的力量庞大，单凭以武装商船为主的爪哇舰队是不可能获得胜利的，因此为了保全实力，应该立刻退往斯里兰卡和印度。
说起来，后者的建议才是正确的，但这个时代并没有所谓“存人失地、人地两存”的战术论述，因此遭到了相当多的荷兰船长的批驳，而兰德生中将也表示反对，认为一旦放弃东印度群岛，联合东印度公司会为之破产不算，丢下巴达维亚不管也不符合骑士守则。
兰德生中将的意见压倒了撤退派的言论，既然如此，那就只能打了，可该怎么打呢？是杀回爪哇还是进攻香料群岛的夏军水师？还没有做出决定，飘在萨武海上的荷军便与护送陆师进攻阿洛岛的夏军分遣队撞倒了一处