大明永历四十六年十一月十五日，在数万重着汉装的数万福州百姓的观礼下，郑监国完成了一整套祭天、祭祖、祭社稷的流程，随即在由福建总督衙门改建的行宫中登上大明皇帝的御座，成为明王朝第二十位君主，年号武定。
武定帝既然继位，自然要大肆封赏一遍，世子朱慈烯晋位太子、其余二子分别为王，至于其余宗室也分别由升格不提，另外根据郑克臧的保荐，武定帝还第一时间任命了四名内阁大学士、六部尚书、侍郎、都察院左右都御史。
其中，浙江督师洪磊出任内阁元辅，是为文华殿大学士、太子少师、新昌伯；福建督师杨英为内阁次辅，是为武英殿大学士、太子少傅、明溪伯；原明郑政事堂左参政柯平为文渊阁大学士、太子少保；原政事堂右参政郑英平为东阁大学士、太子少保。
又以广东督师郑斌出任吏部尚书、浙东巡抚陈绳武出任礼部尚书、政事堂左参议林良瑞兼任户部尚书、政事堂右参议蔡济兼任工部尚书、警察司司官闫刚为刑部左侍郎掌部事、刑狱司官郭楷为刑部右侍郎参赞部事、军务司司官林珩以兵部左侍郎掌部事、军器司司官蔡谦为兵部右侍郎、闽东巡抚吴潜为都察院左都御史、察言司司官蔡汉襄兼任右都御史。
不过阁臣也好、尚书也罢都只是空壳摆设，实际上掌握武定朝实权的还是原来明郑藩下政事堂及各司司官。当然为了适应形势的发展需要，政事堂改名为大都督府参军司，原政事堂左右参政改为大都督府参议、原左右参议改为大都督府咨议参军。至于各司则更名为大都督府某经历司，譬如警察司就改名为大都督府警察经历司。
参军院此时也跟着改名为大都督府参谋厅，林升的总章参军事改为总参谋事，同时与洪拱柱、毛洪言、吴淑三人升任为大都督府佥事，孙有劳和林贤两人的左右同佥参军事也改称左右副总参谋事，参军都承制改为一等参谋、参军承制改为二等参谋、参军事改为三等参谋、行参军事改为四等参谋。由此推而及之，各师、团、哨的总参军、参军长、参军职也分别改为总参谋、参谋长、参谋。
武定帝登基大典刚刚结束，匆匆从琼州赶到福州的郑斌和兼任大都督府审官经历司司官的吏部左侍郎邓麟彩便在第一时间找到了郑克臧。两人一致要求郑克臧优先解决如今明郑在两省占领区内的几十名府州县正印官及辅弼官的缺额问题，而左咨议参军兼户部尚书林良瑞也跟营田经历司司官兼左侍郎顾同山忙中添乱，要求郑克臧帮助解决当年秋粮收获不足和来年垦种人口因战乱大量流失的问题。
面对这四名重臣的围攻，郑克臧不禁头大如斗，只得一股脑的将所有问题都推给了大都督府参军司。参军司连夜合议作出了没收李光地之流铁杆汉奸的家财田土并将福州周围旗丁圈走的土地无偿分配给投军百姓家庭的决定，同时为了避免刚刚晋封伯爵的蔡元书、王新化两人产生猜忌和误解，武定朝中央政府暂时不向两人占据的闽北、闽西各府县派出守令且原则上同意两人提出的保荐名单。
对于参军司以内阁名义作出的决定，郑克臧并无异议，只是提出“本人或祖辈曾经出任过伪职及投考过伪朝科举的只要能举城或率部来投且愿意接受明郑方面统一调度”可试作改过自新不再按汉奸论处治罪。
内阁对郑克臧态度的变化有些摸不着头脑，但理解的要服从，不理解的也要服从，于是便以武定帝的名义“大赦”天下，这份诏书连同武定帝登基诏书很快传遍了整个明郑统治区并向桂、湘、赣、浙、苏、鲁等地传播开去，不但迅速稳定了明郑统治区内的人心，更是清廷统治下的各地士绅进一步发生了动摇。
当然决定南中国归属的还是武力，各路清军在进驻绍兴的康熙的逼迫下格外卖力。拥有六万余兵力的浙南清军在攻入福建之后马不停蹄的向霞浦方向进击。在历时五个月的浙闽边境阻击战中损失惨重的蔡元书部不得不放弃福宁（注：福宁州治霞浦县城），退往周宁一线。接到蔡元书撤退的消息，布置在东冲半岛的郑军海龙骧师第四团当即赶赴宁德，伏波舰队本部也开进三都澳以作策应。与此同时，正在闽北作战的左右勇卫师也奉命急速返回，誓将南侵的清军挡在洞宫山脉、鹫峰山脉、太姥山脉和天湖山脉构成的重“门”（注：宁德的地形呈门字型梯状）之中。
左右勇卫军师的撤离导致了闽北郑军力量骤然减弱，浙西清军顺势突破仙霞古道突入浦城境内，洪拱柱旋即将主力撤往建宁府（建瓯）整顿，其余小股兵力在闽西北武夷山的崇山峻岭中反复袭扰迟滞清军，清军虽然突入福建，但步履已然缓慢。
赣南的清军在打退了王新化的进攻后也有心向闽西或闽西北进击，然而郑军向粤北的快速进军使得兵力有限的于成龙不敢轻举妄动。在援闽还是援粤的问题上犹豫不定了许久之后，身兼江西提督的于成龙方现自己只能选择汀州方向的王新化作为突破口。可是好不容易翻越大山的赣省绿营却在汀州府城下撞得鼻青脸肿，王新化部又以奇兵再出宁化，威胁石城，素不知兵的于成龙只能焦头烂额的撤回瑞金。
既然清军在福建方向的进展可以用步履维艰来形容，因此整个天下的目光不得不投向或许可以扭转乾坤的广东战场。此时，攻克韶关的何乾部遇到了自湖广迤逦而来的鄂省绿旗兵郧阳镇、宜昌镇、湖南绿营永州镇等部及荆州驻防八旗的挑战。但蔚岭、大庾岭、大东山、瑶岭山、起微山、青云山由北及南依次横亘在韶关境内，清军只能沿武江谷地缓步推进，一时半会也对郑军无可奈何。至于肇庆方向，毛洪言已经溯西江推进到德庆，而且与韶关方向的武江、浈江的水文条件不同的是，西江江宽水深，郑军的巡航船固然不敢深入，但改装后的浅水炮船及普通的千料通报船却还是能从容驶入的。有了水师炮船的助战，并无内河水师建制的广西清军根本无法突破郑军的防线，双方在德庆城下几度交手，郑军屡屡发炮，轰得清军鬼哭狼嚎，却无法前进一步。
就在这闽粤战事纷纷扰扰之际，几乎没有人注意到本该在福州城中主持大局的郑克臧已经消失不见了，甚至就连明郑方面的部分大员也没有发现，现而今已经扩充到十七个师的郑军嫡系陆师却只有八个用在了闽粤战场上。
永历四十六年十二月十七日，郑军北方舰队再袭山东、直隶的沿海地区，掳走近二百户一千口两省百姓，随即又在五天后对复州等地实施登陆，在一处海防哨所内打死了一名满八旗防御及十几名旗兵步甲，此后因为年关将近，郑军终止了袭扰，但很快原本应该在西归浦等地过年的北方舰队主力在永历年的最后一天返回到了东宁。
同是十二月十七日，在绍兴住得憋屈的康熙决定返回杭州过年，但拖拉御辇的御马在途中莫名其妙的受惊，一度造成车队极大的混乱，虽然最终随行的侍卫杀死发狂的御马解救了被颠得天旋地转的康熙，但这个不吉利的征兆还是让康熙极为不悦，于是他决定年后前往苏州修养，同时遣返随驾大军，重新从禁旅八旗及山西、直隶、山东、河南诸省轮戍兵力。
十二月二十四日，在周宁、政和等地休整月余的蔡元书部因为补给的问题辗转进入建宁府。涌入的友军固然使得洪拱柱手中的兵力大增，抵抗浙西来犯的清军的把握也大大增强，但是蔡元书部的到来也使得闽西北原本就孱弱的粮食供应体系更加吃紧，再加上两部之间并无直接的统辖关系，在宿地和辎重分配上也多龌龊，不愿此时因为一丝不慎而导致全局变动的洪拱柱便率部退出建宁府城。
可是洪拱柱的退让并没有得到好的结果，因为无法满足欲壑难填的手下，十二月二十八日当晚，蔡部数个营头闹事很快便发展为全军哗变。出面弹压的蔡元书及右福宁师都统制谷永芬等人被叛军杀死，侥幸逃生的左福宁师都统制周正和带伤逃往延平。
此时刚刚率部进入延平休整的洪拱柱得到周正和的飞报，不禁大惊失色，随即顾不得新年在即，点起一师兵马急速北上，趁狂欢中的叛军不备冲入建宁府城，一举平定了乱军。但是经此一变，建宁十室九空，已经不适宜再充当抵御清军进攻的堡垒。不得已，在斩杀了所有的叛军之后，洪拱柱只能在武定元年的正月初一带着所部重新退往南平。
由于闽西北之变还没有传达福州，因此福州城里依旧是张灯结彩、欢天喜地的景象。重返福州的郑克臧再次露面，亲自率领百官向武定帝朝贺新年，武定帝则授予郑克臧三孤之一的少保作为新年赏赐，两人上演了一副君臣相得的活剧。