在原本的封建皇朝中，六部每部各辖四司，共为二十四司。但是刘厚仿照了后世的部分部委结构，加了很多个司进去，这使得每个部不再仅限于四个司，有些部的司少，是个位数，有些部的司则多达两位数，具体看各部分管的事项多少，没有一定的定数。
这样的例子很多，除了上述的宣传部外，再例如，在原本的封建王朝，对于商业是很看不起的，所以不可能像后世那样，设立一个商务部去促进商业发展，但是刘厚决心大力发展商业，就设立了一个商务司，挂在了户部下面。
而像后世的水利部、交通部等部门，也统统变成一个司，被挂在工部下面。还有环境保护这样的部门，在原本的封建皇朝也是没有的，刘厚同样设立了一个司级单位，挂在刑部下面。
这个举动让新上任的环境保护司各级官吏都莫名其妙，不知道自己这个部门是干什么活的，而其他人则是对于这个司放在刑部感到难以理解，不知道环境保护和刑罚有什么联系。
这样的例子比比皆是，总的来说，刘厚和陈群搞的这个三省六部制和原封建皇朝的三省六部制并不一样，刘厚只是借壳一用而已。
这个新的六部其实更像后世的部委，只不过是采用了大部委制，将原来共和国的几十个部委，全部降级为司级单位，然后分门别类塞到六个部里面去。
说完六部就要说三省了，三省六部制中的三省是指中书省、门下省、尚书省。六部其实是尚书省下属的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。在中央行政机关设立三省，目的在于分割和限制尚书省的权力。
中书省是最高决策机构，负责草拟和颁发皇帝的诏令。由于刘厚比较喜欢内阁这个名字，所以，他就把中书省改称为内阁，这等于是整个天朝的大脑，所以，阁臣都是由诸葛亮这些智谋深远的人来担任。
政令制定出来后还不能马上执行，需要先交给门下省审核。门下省是审议机构，负责审核政令。门下省与中书省同掌机要，共议国政，并负责审查诏令，签署章奏，有封驳之权。其长官称侍中，也可以称为左相，可见其权力也是极大的。
如果门下和中书两个机构的大佬不和，很容易造成扯皮不清，导致行政效率低下。例如，如果门下省的侍中对内阁某阁臣有意见，想公报私仇，那他可以将内阁制定出来的政令封驳回去，使得这道政令无法出台。
当然，门下省也不可能顺便捣乱，要封驳政令也得有理有据才行，如果他经常乱来的话，皇帝肯定会换人来做。
门下省侍中由蒋琬担任，蒋琬是刘备时期的旧臣，对刘氏忠心耿耿，也有宰相之才，由他担任这个左相再适合不过。让他担任这个位置还有个原因，那就是他和诸葛亮的关系很不错。
蒋琬曾经因不理政事激怒刘备，刘备一怒之下要杀他，后来在诸葛亮的劝说下，蒋琬才免于一死。再之后他重新被启用，诸葛亮又将其悉心培养，并且还暗中对刘厚说过，这个蒋琬可以作为自己的接班人。
可以说，诸葛亮对蒋琬有救命之恩加知遇之恩。这样的关系可以令两个部门不至于互相推诿扯皮，提高行政效率。当然，两个互相制约的部门大佬关系太密切的话，也会带来一个不好的结果：两个部门串通起来图谋不轨。
不过对这两个人的人品，刘厚是很有信心的，他相信他们不会那么做，所以这个缺点就被刘厚忽略过去了。
尚书省，也叫尚书台，是最高行政机构，负责执行国家的重要政令，其行政长官叫尚书令，由董允担任。这个董允长期以来一直帮刘厚管理“工业部”，刘厚带着其他部下在外征战，他就像老黄牛一样，在家里默默耕耘，为保障前线所需的物资、设备呕心沥血地操劳。
他是真正的幕后英雄，没有他的默默付出，灭魏、灭吴两场战争都不可能那么顺利。他有在“工业部”的工作经历，对于执行政令驾轻就熟，而且他也是当年的太子部属之一，这种潜邸老人的忠心也是毫无疑问的，由他出任尚书令再适合不过了。
除了三省六部之外，还有两个机构是独立于这些部门的，那就是监察部和大理寺。监察部里面的官员叫监察御史，他们的职责是监察百官。
而且他们不像历史上那样，只会风闻奏事而没有一点实权，刘厚从中情局调了很多人加入到监察部，组建了一个具有调查能力的部门，他们将负责调查那些贪污的官员。
监察部并不属于六部，也不用对内阁作交代，他们直接向皇帝负责。这使得他们的地位和职能，很类似于香港的廉政公署。
由于他们独立于整个官僚体系，甚至他们都不用担心受到吏部的官员考成影响，所以，他们可以放心地调查任何官员，包括内阁成员，而不用害怕受到官场中其他势力的影响。
这一点上他们和明朝的锦衣卫有点类似。和锦衣卫不同的是，他们只有调查权而并没有审判的权利。这是为了避免他们成为一个专权的特务机构，最后变成祸乱朝纲的鹰犬。
审判权被交到了大理寺的手上。监察部查出来的证据最后要呈交给大理寺，由大理寺对犯案的官员进行审判定罪。这就是权力制衡之道。
从今天开始，中情局，等于是一分为二了，对国内的情报收集就交给了监察部和刑部。监察部，负责收集官员的犯罪罪证，还有涉及到谋反的证据。
刑部侦查的是其他的犯罪案件。而中情局只负责对外国的情报收集，当然，也包括对一些外国的敌对势力，在天朝的间谍活动进行侦查和打击。
监察部、大理寺和中情局都是直接对皇帝负责的机构，他们都是独立于三省六部之外的机构。他们是皇帝手中的刀剑，是保障皇帝在不过问朝政的情况下，依然可以牢牢掌握这个庞大帝国的保障，所以对这些部门刘厚从来没想过放手。