陕西在清廷的掌控之中，使得川西要想向青海和甘肃两省运输武器装备以及派遣人员的话，都得翻越高原才行，交通受到了严重的制约。好在川西这十多年来一直都在为战争做着准备，库存的武器装备非常多，足以装备二十万的军队了，加上现在齐江和成都的兵工厂都在开足马力的生产武器装备，倒也完全能够满足部队的需要。
四月二十六日，川西军副参谋长蔡云在河洲主持了对马家军的整编工作，王毓泽以少帅的身份全程参加，并且表达了自己的建议，定下了这一次整编的基调。川西军在青海和甘肃的高级将领也全部参与了这一次的会议，这将直接关系到他们的切身利益。
川西军这一次成功的击败了马家军，拿下了甘肃和青海两省，十万马家军中，除了一部分战死的，被俘虏的马家军超过五万人，这还不包括先期已经整编了三个旅。川西军将打算再次从俘虏中挑选出三个旅的兵力来。当然，每个旅的兵力和装备，将完全等同于川西军的旅级部队。
在会议上，蔡云宣布了巡阅使府的命令。川西军除了之前新建的第十一旅，第十二旅和第十三旅之外，将建立第十四旅，第十五旅和第十六旅。其中，第十一旅的旅长而马麒，副旅长为张树森，参谋长为龚志强。张树森和龚志强两人是之前第十旅第二营的营长和副营长。他们两人高升之后，第二营的营长将有石德友接任。第十二旅旅长为马福禄，副旅长为徐川，参谋长为段永峥。徐川和段永峥之前是第十旅第六营的营长和副营长。第十三旅的旅长为马正元，副旅长是岑智勇，参谋长是杨康顺，也都是之前第十旅的军官。第十四旅的旅长为马国良，副旅长是陈元明，参谋长是刘俊贤。陈元明和刘俊贤是第四旅以前的军官。第十五旅的旅长为马毓良，副旅长是邹雪风，参谋长是彭安国。邹雪风和彭安国也是第四旅以前的军官。第十六旅的旅长为丁忠明，原青马军的降将，副旅长是范子默，参谋长是余建明。范子默和余建明两人，也都是第四旅的军官。
这一次的整编，不仅仅是旅级主官的变化，还将打乱编制。把第四旅、第十旅和这六个新建的旅全部打乱，随机分配人员。这样可以有效的消除派系之分。缺点则是会让部队在短时间内丧失战斗力。不过，即便缺点很严重，但为了保证不再产生军阀割据势力，在新组建的军队当中清楚马家军的那种旧式气息还是非常有必要的。
另外各旅所欠缺的武器装备和炮兵等技术兵种，也将等候成都方面的补充。成都方面将从退役的军人当中招募，有些补充这些刚成立的部队。只不过受制于交通的影响，要想补充完毕，恐怕也得需要两个月的时间才行。好在部队需要大量的时间整编，正好可以一边整训一边等候武器装备。
旅一级的整编只是第一步。随后将以这八个骑兵旅为基础，建立两个骑兵军。这也是川西军的第一个军级单位。第一骑兵军包括第四旅，第十二旅，第十五旅和第十六旅。军长为原第四旅旅长刘志业，军衔晋升为少将，副旅长为马福禄，仍兼任第十二旅的旅长，参谋长为郭德福，军衔提升为准将。原第四旅的旅长由第四旅参谋长梁文华接任，军衔提升到准将。军部将由一个警卫营，一个侦察营，一个炮兵营，一个辎重营，野战医院和其他部队组成。整个骑兵军的兵力将达到三万八千余人。
第二骑兵军包括第十旅，第十一旅，第十三旅和第十四旅，以及军部的直属部队，总兵力同样是三万八千余人。军长由原第十旅的旅长赵博文担任，军衔晋升为少将，副旅长由马麒担任，同时马麒继续兼任第十一的旅长，参谋长有原第十旅的参谋长李卓担任，军衔晋升为准将。第十旅的旅长的职务，则有原副旅长扎西多吉接任，军衔同样晋升为准将。
军人除了保家卫国之外，同时也希望能够升官发财。这一次川西军拿下了甘肃和青海两省，不仅仅扩大了地盘，同样也使得不少的军人获得了晋升，这让那个川西军全体都大为振奋。之前的川西军沉寂的太久了，现在大家总算是看到希望了。
至于部队的中低级军官，一部分由马家军内部品行和才能较好的人留任，一部分则有川西军的陆军学院的毕业生担任。最大程度的保证对部队的掌控力。
接下来的时间，川西军第一骑兵军和第二骑兵军都干劲十足的开始了整编。一些年纪大的，或者品行方面不过关的，全部被剔除出了部队。同时，因为所有的部队全部打乱混编，这让很多人都没有安全感。但是，随着时间的过去，人心也渐渐的稳定了下来。当兵不就为了吃饭拿饷么？况且现在给川西军卖命远比给马家军卖命还拿得多，这又何乐而不为呢？唯一不满的，大概是川西军的条条框框比较多，这让平时自由散漫惯了的马家军士兵们有些接受不了。但看在高额的军饷的面子上，大家还是咬牙接受了。
一个月之后，第一批物资运抵了河洲，各部队也陆续换装，大量的火炮等重武器也开始装备部队了，这让那些降军们更加归心了。在他们的眼中，川西军已经完全武装到了牙齿了。和这样的部队作战，简直就是在找死啊！加入川西军，无疑会更加的有保障。
同时，也来了不少的政府官员，准备对青海和甘肃两省的政府架构进行川西模式的改造。王毓泽和蔡云两人，也专门会见了两省的新任省长。甘肃省省长名叫左玉书，一个四十来岁的中年人，戴着一副眼镜，身材虽然不高大，但显得很睿智，以前的职务是四川省的副省长。青海省的新任省长名叫许章，一个三十多岁的年轻人，显得非常的干练，之前是西康省的副省长。
左玉书和许章都知道他们的任务，青海和甘肃两省刚刚被川西拿下，建设之类的都暂时还不忙，首先要做的是稳定局势。而这和军方有很大的关系，没有军方的支持，他们根本无法稳定局面。好在有马家的人的协助，这方面倒是没有什么问题。
而这个时候，清廷也终于得知了杨昌浚战死的消息，顿时大怒，向川西方面问罪。而川西方面则和清廷打起了口水仗，尽量的拖延时间。有鉴于此，川西军第一骑兵军和第二骑兵军纷纷加快了整编。武器装备上还有不小的缺口，为了加快运输，川西军的后勤部已经动员了最大的运力了，甚至连飞艇都出动了。
当二十艘载重达到了两吨的飞艇飞临河洲的时候，所有的人都被这种遮天蔽日的庞然大物给震惊了。不少的牧民甚至下跪，请求真主的保佑。而不少队的马家军的降兵更是决定死心塌地的跟随川西军了。川西军连天上都能够飞上去，清廷哪是他们的对手啊！他们的心态的转变，也使得整编可以加速进行。
在青海和甘肃两省，还有着不少的马匪，很多都是马家军兵败之后落草的。两个骑兵军也干脆借此机会，一面剿匪一面整训，倒也收获不小，同时也加速了部队的整编。