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得到了让巴蒂斯特格雷诺耶的帮助，吉塞佩巴尔迪尼的香水店东山再起，生意甚至超过了他以前的巅峰时期，就连皇室都开始光临交易桥上的这间小店。吉塞佩巴尔迪尼已经开始考虑把香水店开到法国各个城市去了。.
同时，让巴蒂斯特格雷诺耶也开始了解制作香水的神秘技艺。就和音乐一样，每种香水和弦都有四种精华，或音色，小心组成和谐的作品。每个香水都含有三个和弦：前调、中调和后调，必须有十二种音色。古埃及人相信，要创作真正的香水，就需要加入特别的精华，能凸显并抑制其他香味，经过数千年都不会消逝，这就需要加入第十三种香味。当然，这只是一个传说。
让巴斯蒂特格雷诺耶在吉塞佩巴尔迪尼的香水店里留了下来，他认真学习着各式各样保存、提取香味的办法，他对于金钱、名誉、地位都不在乎，他唯一在乎的就是学会如何保存香味。于是，吉塞佩巴尔迪尼开始教授让巴蒂斯特格雷诺耶如何使用冷凝器来提起植物的味道。
让巴蒂斯特格雷诺耶很快就学会了蒸馏法，将各种植物的味道保留下来。于是，他开始尝试提取各式各样其他物品的味道，铁链、黄铜、瓷器、玻璃、皮革、石块、塞纳河的水，甚至是一只猫。但是却什么气味也没有得到。
当吉塞佩巴尔迪尼告诉他，这些东西的味道是没有办法保存的，“你不能蒸馏猫的味道，就好像不能蒸馏你我的味道一般。”看着让巴蒂斯特格雷诺耶那纯真而执着的表情，在吉塞佩巴尔迪尼的话语之下陷入了绝望，那种对于事物最纯粹的追求被保存在那双清澈到透明的眸子里，震慑了所有人的心灵。
让巴蒂斯特格雷诺耶病倒了，他开始发高烧。最初几天还伴随着出汗，后来出了无数脓疮，他的身体布满了这些红色的小水疮，其中许多破裂了。流出水状的脓，然后又重新胀满，其他的则已经结疤了，肿胀得大大的，呈红色，像火山口一样裂开，喷出粘稠的脓和带有黄色粘液的血来。过了一阵。他看上去活像个被人们用石头砸死的殉难者，身上有一百处伤口在流脓。
绝望中的让巴蒂斯特格雷诺耶失去了生存的希望，他的生命力在一点点流逝。这对于吉塞佩巴尔迪尼来说，是一个巨大的打击，因为他希望把香水推广至全国的梦想绝对不能缺少这个学徒的帮助。于是，看着奄奄一息的让巴蒂斯特格雷诺耶，吉塞佩巴尔迪尼绞尽脑汁，终于勾起了自己的回忆。“那是神秘的油萃法。”
为了学习这种油萃法，让巴蒂斯特格雷诺耶必须到香水制作工业最发达的格拉斯去。仅仅一个星期，这个执着的少年就痊愈了。他为吉塞佩巴尔迪尼留下了六百种不同的香水配方，作为交换取得了学徒出师证书，得以前往香水之都格拉斯。对此，让巴蒂斯特格雷诺耶丝毫不在意，因为滔天的财富对于他的人生来说，没有任何意义。
让巴蒂斯特格雷诺耶踏上前往格拉斯的旅途，那天早晨，吉塞佩巴尔迪尼重新回到了自己的床.上，他紧紧地抱着那记载着六百个配方的笔记本，这将是他下半生的所有希望。也将是他创造一个香水王国的根本。他心满意足地抱着笔记本入眠了，但却再也没有能够醒来。
一直都在地震般动摇的交易桥，第三个和第四个桥墩之间桥面整个崩塌了，上面所有的建筑和房子都坠入了河面，彻底粉碎。吉塞佩巴尔迪尼的家，就在其中。
这一次。虽然是让巴蒂斯特格雷诺耶选择了离开，但是昧着良心只支付了两个法郎路费给他的吉塞佩巴尔迪尼依旧在他离开之后立刻死去。这算是第五个离弃他的人，也是第六条消失的生命。
离开了巴黎的让巴蒂斯特格雷诺耶，终于感受到了自由和解放，离开巴黎越远，他的心情越舒畅，他的呼吸越轻松，他的步子也越快，他最感到自由的是远离了人。在巴黎，狭小的空间里比世界上任何一个城市都住着更多的人，此时他才明白，就是这种堆积在一起的人的雾气，云雾缭绕地笼罩在城市上空，就好像雷阵雨闷热的空气一样压抑了他十八年，他此时才开始躲开这种雾气。于是，他决定违反他原来的意图，不再前往格拉斯，而是开始避开城市，避开村庄，避开人类。
最后，让巴蒂斯特格雷诺耶终于抵达了一座荒无人烟的山峰，在顶峰的山洞里找到了一个没有任何人类气息存在的角落，在这里，空气纯洁而没有任何杂质，他高兴地喊叫了起来，就像一个疯子般自己在狂欢着。
他沉浸在自己不受任何事物干扰的生活中，觉得这样的生活很美好，他就像一句尸体一般，几乎不再呼吸，心脏几乎不再跳动，但是却顽强而放荡不羁地生活着。他开始搜索着自己脑海里那些遥远的气味，加拉尔夫人卧室里充满敌意的臭气，鱼市场里充斥着的臭气和凶气，当然还有皮革厂污水的臭气，以及剩下闷热中巴黎人聚集在一起的雾气。就这样，一天天，一个月又一个月，整整过去了七年。
逐渐地，他开始用气味构建自己的王国。从海面上吹来微风像咸杏仁一样刺鼻，茎部充满汁液的绿色植物带着新鲜的春天香气，可爱的花朵散发着金色而柔软的味道，当然还有岩石上潮湿而苦涩的青苔味道……但问题就在于，他从自己的手指上没有闻到任何的闻到，他的腋下、脚上、手掌，什么味道也没有。
这个发现让他开始恐慌起来。他脱下了身上所有的衣服，七年来第一次重新登上了山顶，呼吸着空气里传播过来的味道，然后努力张开双臂迎着风，让风将自己身上所有的味道都洗刷干净之后。他再次回到了山洞里，仔细分辨着山洞里熟悉得不能再熟悉的味道，但是他依旧没有找到属于自己的味道。
他这辈子第一次发现，自己是没有味道的人。对于别人来说。他是不存在的。
让巴蒂斯特格雷诺耶第二天黎明，再次踏上了前往格拉斯的旅途，他要告诉这个世界，他是存在的，一直都是存在的，而且是独一无二的存在。
连成锦缎一般的紫色薰衣草田在视线之中展开，但是风儿之中让巴蒂斯特格雷诺耶却嗅到了一种独特的味道。他有生之年以来嗅到最美好最完美最精彩的味道。一辆马车从道路上飞驰而过，车厢里的红发少女，带着让人无法遗忘的香气，衣衫褴褛、胡渣邋遢的让巴蒂斯特格雷诺耶却像是一片久旱逢甘霖的土地一般，忘情地呼吸着空气里传来的那几乎让世间所有气味都失色的香气。
让巴蒂斯特格雷诺耶来到了格拉斯，找到了少女，刚刚沐浴结束的少女，披着浴袍到窗口摘下了一朵白玫瑰。她身上散发的香气让他沉醉其中，贪婪而迫切地呼吸着每一丝每一毫的香气。他知道了她的身份，她是格拉斯议会第二参议的女儿。
他开始在格拉斯学习油萃法。他的天赋很快让他掌握了这种神秘的技艺。他继续实验着自己的想法，他冷酷地杀死了一名在仓库里偷情未果独自留下的少女，然后把少女放在了提炼花香的油槽里，试图按照油萃法的正常手段提取出少女的体.香。但是他失败了。
随后，他花钱雇佣了一名抱着哈巴狗的妓.女，将动物油脂涂抹在妓.女的手臂上，再用纱布包裹起妓.女的手臂，隔夜之后再用刮油刀把油脂刮下来，这样油脂里就会有女人的体.香了。但是妓.女害怕了，她拒绝了。于是。他冷酷无情地杀死了这名妓.女。然后将妓.女的头发剃光，在她的全身上下都涂抹上油脂，实验着自己的想法。
用这种方法提炼出来的味道，终于让他满意了。随后，他在妓.女的哈巴狗身上进行了测试，证明了这种彷佛的确能够提取少女的体.香。他终于成功了。随后，他又做了两次实验，一次是身上什么香水也没有，进入商店之后，丝毫没有人察觉到他的存在，没有体味的他，在这个世界上就是不存在的；第二次则是使用了一名大人物衣物上提取出来的香水，这让他在商店里得到了贵宾的待遇，即使他穿着学徒工的破烂服装。他证实了，依靠香水，依靠不同体.香制作成功的香水，可以让他成为不同的人，甚至可以让他轻易地达到控制他人的目的。
这时，他终于才确定了自己的成功，于是，他拿出了十二个调香瓶，准备调制这个世界上独一无二的香水。
在这之后，接连有少女遇害，被发现时都是被剃了光头的，格拉斯开始陷入了恐慌，实行宵禁。但即使如此，当他没有使用任何香水时，他就是没有味道的，就是不存在的，没有人能够抓到他。少女依旧在遇害，整整二十四个少女都遇害了，这引发了整个格拉斯的慌乱，还让教堂陷入了混乱。
看这那一具具被扭曲成艺术符号的少女尸体，洁白的酮.体冲击着所有人的视觉，而那整齐排列的十二瓶调香瓶，更是冲击着所有人的心灵。
教堂主教在广大民众面前祈福着，隔壁小镇格勒诺布尔传来了凶手落网的消息，这让所有人都高呼“哈雷路亚”，但只有观众知道，他还在制作着自己独一无二的香水。
他开始追逐第二参议女儿萝拉里希斯，他认定了，萝拉里希斯就是这个世界上最独特的存在，也将成为他制作香水的第十三香，这将会是让这瓶香水流芳百世、千年不变的关键钥匙。
而萝拉的父亲安托万里希斯却始终绝对不对劲，这其中有太多太多的疑点了。在萝拉里希斯接连逃了让巴蒂斯特格雷诺耶两次追捕之后，安托万里希斯虽然没有任何证据，但内心的不安却告诉他自己，那个凶手要在这些女孩身上得到什么才会完结。他预感这个人就是他最心爱的女儿，他每天都被噩梦缠绕着，他就好像是惊弓之鸟，担心自己的女儿随时都会离自己而去。于是，安托万里希斯带着女儿逃跑了，远远地离开了。
安托万里希斯兵分两路，让仆人上了女儿的马车，而自己带着女儿单独逃跑。这种方法却依旧没有阻挡让巴蒂斯特格雷诺耶的追踪，当他察觉到自己魂牵梦系的香气正在离开这座小镇时，他果断地追赶了出去，然后靠着自己的嗅觉，在岔路口分辨出了正确的方向，追踪跟了过去。
另一方面，最开始那名妓.女的哈巴狗顺着气味追踪到了让巴蒂斯特格雷诺耶工作的作坊，并且在让巴蒂斯特格雷诺耶房间的地里刨出了之前被谋杀的少女们的头发和衣物。调查工作终于水落石出了，格拉斯方面知道了真正的杀人凶手，就是平时看起来沉默寡言、彷佛根本不存在的一名小学徒。
父女二人在一间随机的家庭旅馆住下，安托万里希斯将女儿锁在窗口对着大海悬崖的房间里，而自己则住在了隔壁。
没有气味的让巴蒂斯特格雷诺耶轻松地爬进了家庭旅馆，即使是狗也没有能够嗅出他的存在。他悄无声息地走进了安托万里希斯的房间里，从床头柜上拿走了萝拉房间的钥匙，然后顺利地进入了自己的目的地。
看着躺在床上的萝拉里希斯，那瀑布般的红发在白色的床单上铺陈开来，那美妙绝伦的面容宛若天使。但即使如此，她的美貌也没有能够激起让巴蒂斯特格雷诺耶任何的同情心，他没有任何犹豫地就挥起了自己手中惯用的石杵，完成了他独一无二香水第十三种香味的收集！