然后，阿亮来到关押冬月的地方，救出了他。
而后美里也得到了释放。
美里问起阿亮怎么样了，来人并不知道。
这个时候，阿亮出现在一间仓库，门打开了。
阿亮知道是谁来了，说道来的太慢了。
美里回到家，说到了阿亮的留言。
他说自已大概已经给她造成很多麻烦，他向美里道了歉，并且委托美里给自已的花浇水。
最后她说真相和你筒子啊你不要困扰勇敢向前，如果还可以再见的话，就会说出8年前的那句话。
美丽听完留言哭了出来。
明日香在同步测试时候想起自已的麻美。
患有精神病的妈妈，经常将洋娃娃当成自已。
心情不好的明日香，同步率直线下降。
赤木开始下令直接以修复零号机为优先，暂且放弃了二号机。
美里得到了从面传来的情报，全世界正在7个地方建造了13台EVA，开始了量产。
随着不断的测试，明日香和EVA的同步率越来越低。
电梯中绫波丽告诉明日香。
不打开心扉，EVA是不会动的。
而明日香则和绫波丽说，她只是一个人偶，完全按照父亲指示做事的人偶。
凌波回答就是这样，明日香打了他一巴掌。
这个回收在轨道出现了一个使徒。
美里命令零号机担任攻击手，二号机辅助。
明日香却不服从命令，擅自冲了出去。
此时的初号机已经被冻结，无法出战。
二号机在雨中拿起武器，由于射程不足，二号机无法射击。
增时候一道光线涌入，使徒发动了精神攻击。
明日香出现了精神污染，混乱中明日香发动了攻击全都打空了。
赤木下令，让明日香撤退。
明日香却说，如果现在回去还不如让自已死在这里。
此时零号机扣动扳机，成功击中了使徒。
可是由于距离太远没有击穿使徒的AT立场。
赤木发现，使徒在测试明日香的精神波长。
她意识到使徒是想了解人心。
碇真嗣请求让自已出击，遭遇到父亲的拒绝。
随手父亲下令零号机来到下层，取出了朗基努斯之枪。
美里觉得第三次冲击只是一个骗局。
朗基努斯之枪穿透了使徒的AT立场歼灭了使徒。
而自身也突破了速度，一动到月球轨道回收是不可能的。
明日香被救了，但是非常愤恨救自已的是被自已嘲讽过的绫波丽。
明日香住在了班长家里，每天打着游戏。
她觉得自已没有驾驶EVA取得胜利已经失去了人生价值。
不管变成什么样都无所谓了。
面对父亲下令拔出朗基努斯之枪非常不满。
父亲表示是逼不得已。
而面似乎已经对他无法容忍。
此时又一使徒来袭，美里下令价格零号机发射出地面二号机支援。
初号机也会解除冻结。
使徒在天我看高难中而后迅速刺穿零号机的AT立场，进入了零号机体内。
开始了和零号的解除。
而哟与二号机和明日香的同步率不足俩为数根本无法前进，不得已被收回去。
绫波丽在驾驶舱痛苦万分。
这个时候父亲下令解除初号机的冻结。
不想初号机刚一出击就被使徒击碎了武器。
这个时候零号机的AT立场开始反转，绫波丽想要借此困住使徒。
美里让他赶快撤退，而绫波丽却说自已走了，AT立场就会消失，碇真嗣会有危险。
自已的心就是想和碇真嗣在一起。
零号机发生了爆破，在爆破前的最后一秒，绫波丽又看到了父亲。
使徒被消灭，赤木马带人寻找绫波丽。
随后发现被严重损毁的仓管。
按照死海文书的记载，使徒只剩下一个。
面决定加紧对父亲的控制。
凌波醒了过来，碇真嗣赶去医院，他说谢谢绫波丽救了自已。
绫波丽却不知道碇真嗣在说什么。
美里打开了阿亮给自已的东西，里面有阿亮想要告诉她的话。
美里好像走到了。
随后她找到了赤木，并且威胁她告诉自已关于据点的秘密。
碇真嗣也出现在现场，赤木带着俩人来到下面。
地下有无数半成品EVA。
赤木说碇真嗣的母亲就在这里去世的。
随后三人来到一个房间，他们看到里面有无数绫波丽。
赤木说这些都是没有灵魂的容器，说完就毁灭到了他们。
她好像也喜欢父亲，并且对绫波丽有深深的妒意。
随后跪在地哭了起来。
明日香回想起母亲死去的事情，随后她失去了适合者的身份。
父亲询问赤木为什么破坏傀儡系统。
赤木说自已只是破坏绫波丽，而父亲其实从来不在乎自已。
碇真嗣在湖边，发现坐在石头哼唱歌曲的男子。
他直接交出碇真嗣的名字，并且高速碇真嗣自已的名字是阿轩，是第五适任者。
大家丝毫都不知道哦啊他的来历，只是知道生日和第二次冲击完全相同。
同步测试开始了，阿轩居然做到了和二号机完全同步。
大家都有些吃惊。测试结束后，阿轩看出碇真嗣有些害怕和人解除。
阿轩告诉碇真嗣，不和人接触就会避免伤害。
但是并不可以忘记寂寞，因为人类本身是孤单。
但是也因为可以忘记，人CIA可以活下去。
他说碇真嗣的心如同玻璃一般纤细，值得自已对他有好感。父亲看着初号机，想到朗基努斯之枪已经不再。
只要消灭最后一个使徒，愿望就要试下。
碇真嗣没有回家，回到了阿轩的家中。
阿轩问他是不是讨厌人类，他说自已很讨厌父亲。
却很奇怪为什么对阿轩说这些。
碇真嗣回头看到对方看着自已。
他告诉碇真嗣，自已说不定是为李翔宇才是。
美里偷偷调查挨训的资料。
原来他可以在自已的一直下自由设定和EVA的同步率。
这个回收阿轩带着二号机向据点下去。
警报响了起来，又一使徒出现了。
美里发现二号机出现动了，可是明日香明明在病房，这不可能。
这时候据点出现了AT立场，阿轩就是使徒并且还在不断下降。
而这一切都是面计划的，并且期待初号机完成最后计划。
父亲下令让碇真嗣去解决。
碇真嗣却无法接受阿轩是使徒，随后强迫自已跟塌 初号机和二号机打了起来，阿轩说EVA和自已打手很提是一样，因为也是从亚当衍生出来，只要没有领就好。
碇真嗣刺向阿轩，但是阿轩的身出现了AT立场这是任何人都拥有的心智比张。
此时二号机也刺中的初号机，他们一起来到据点。
为了避免第三次冲击，美里决定逼得不已时就让这里自爆。
没想到出现了强力的AT立场，俩台EVA都被屏蔽。
碇真嗣和阿轩抵达了中心位置，绫波丽居然也出现在这里。
阿轩发现十字架的不是亚当而是莉莉丝。
此时初号机击败了好几，并且抓住了阿轩。
阿轩说治一治希望碇真嗣可以阻止二号机。
不是这样自已就要和二号机一起继续活下去。
碇真嗣问他是为什么。
阿轩说继续活下去是自已的命运，哪怕毁灭一切。
而对于自已来说死和生是等价的，死亡才是自已唯一的自由。
碇真嗣完全听不懂他在说什么。
阿轩却说这是遗言，他说碇真嗣不是应该死亡的从子啊，而微辣才是必要。
随后抬头看了言绫波丽，他告诉顶针是，谢谢你，能够和你相遇，我和你高兴。
终于在漫长的沉默中，碇真嗣杀死了最后的使徒。
碇真嗣来到医院看望明日香。
他对明日香说救救我，然而对方并没有回应。
碇真嗣开始用力晃动明日香。
在这以后，最后一个使徒消灭了，但是还是没有解决境界。
美里坐在车里，她已经知道了所谓的补完计划。
所这是一种将走到尽头的人，进化为单体生物的补充计划。
她觉得面还会为此利用EVA。
的确如此，面将希望寄托在莉莉丝的EVA初号机身。
此时超级计算机被入侵，防御被攻破。
父亲派遣人找到已经不再工作的赤木，委托她抵抗超级计算机的入侵。
美里受到消息，面已经取消对据点的保护。
目的绝对不是入侵超级计算机那么简单。
这个时候赤木解决了入侵。
计划失败以后，面决定直接占领。
之后开始了攻击，美里觉得他们的目标是EVA，那么一定会干掉碇真嗣。
随后通知碇真嗣进入初号机，躲避并且将病房中的明日香移动进二号机。
此时没有了绫波丽的终极。
美里下令让碇真嗣进入地下，但紧跟着发现碇真嗣没有在里面。
面实力强大，据点落入下方。
美里在努力拖延时间。父亲找到了绫波丽。
说是约定时间到了，带走了他 此时敌人发信啊了碇真嗣，还好美里及时赶到救下了他。
她让碇真嗣去驾驶EVA。
碇真嗣却说自只想死，其他的什么都不想做。
面开始攻击据点，美里告诉碇真嗣，他们要发动第三次攻击。
十五年前为了让伤亡降低，从而在使徒决心的回收将亚当还原，引发了第二次冲击。
而人是从一个叫莉莉丝的生命体之源中诞生出来的。
人类便是第十八使徒，其它的使徒也可以看成是舍弃人类形体的怪物。
双方都拒绝了对方的存在。
面发现据点的电话无法接通。
而后有发现不玩计划，所以才去攻击。
而这些都是面你透露但 这个时候二号机在水下被发现，明日香生死不明。
她不断的高手自已不可以死，但是母亲好像出现了，一束光闪过，二号机出来以后。
明日香无所畏惧开始疯狂反击。
面发现明日香在阻止自已的计划，随后下令触动了九台量产机EVA。
美里听到了消息，她让明日香一定要坚持住。
随后拉起碇真嗣走向初号机。
而此时的二号机只剩下三分钟的电量。
明日香想到这样的话只有二十秒干掉一台。
美里带着碇真嗣来到入口却不小心中弹了。
敌人没有继续追击而是决定爆破这里。
美里将碇真嗣推到栏杆，告诉他说从此以后你就是一个人了。
碇真嗣却无法鼓起勇气。
美里不会同情他，如果他什么都不做，自已一辈子都不会原谅他。
他鼓励碇真嗣字啊一次驾驶EVA。
送碇真嗣看到美里的血迹，泣不成声。
明日香还在和凉茶级大战，不禁怒吼道白痴碇真嗣不可以相信。
父亲带着绫波丽来到莉莉丝的面前，发现旁边坐着赤木。
赤木拿出武器，她偷偷拿出计算机的程序准备和父亲ton归于尽。
但是面否决了他。
赤木名表了，母亲选择了爱人。
随后父亲沙雕鳞翅目，此时二号机只剩下一分钟点亮。
明日香将一台量产机击杀以后，她的眼神中满是愤怒。
这个时候一把武器将二号机充了出来但是那把武器穿透了AT立场，此时二号机电力好几。
刚刚打到的家伙。
但是却被其他的武器。
初号机自已动了起来，天空中刮起狂风。
他看到了被直接的的家伙，只要再次和莉莉丝融合就可以和自已的棋子合成。
这时候父亲开始聊不完计划。
朗基努斯之枪飞了回来。
开始祈祷了，最后的仪式。
量产围绕着卡巴拉第三次冲击要来了。
黑色之月暴露了出来。
父亲还在进行仪式。
绫波丽说自已不是父亲的玩偶，而碇真嗣正在呼唤自已。
随后劲入莉莉丝的体内。
伴随着心猿意马的心跳的声音，莉莉丝来到了碇真嗣面前。
随着祈祷，量产机和莉莉丝童话。
同时得到生命果实和智慧果实的。
如今的碇真嗣成为了最后的希望哪 碇真嗣想起来童年的回忆，他想起了很多事情。
碇真嗣觉得这个四姐妹我有人合同碍眼的事情，他一直以为别人和自已意义昂，但是大家出卖了自已。
不管如何什么都不会改变。这个时候莉莉丝弹出身体，大家面前出现了一个个凌波。
凌波变成自已想要的人。
所有人的AT立场都消失了。
父亲问他是不是害怕儿子。
他说自已会带来伤害。
阿轩说他一直在逃避。随后在初号机要掉头，父亲失去。
此时莉莉丝手握着黑之色，他的头部出现奇怪的裂纹，将初号机吸收了进去。
在阳光下出现了一台车和秋千。
碇真嗣询问这是什么呢？
这个时候传来了凌波的声音。碇真嗣说这不是现实。
这不是梦想，这是对现实的补偿。
那我的梦在哪儿呢？
绫波丽说是现实的延续，也是梦的终结。
当碇真嗣醒来以后，她告诉这里是生命之源的地方。
“我是不是死了。”
她询问碇真嗣这是自已希望的世界？
即便那个世界会有人伤害他也没有关系。
碇真嗣询问大家说。
绫波丽说是希望。
这个时候初号机从里面出来。
绫波丽说道要活下去就可以天堂。
一切回归现实，再一次重新来过，世界恢复了和平，童话大结局。
碇真嗣和所有人幸福的生活在了一起。