随着进入到了九月之后，南方的雨季也渐渐的开始结束，大中军在南方的军事行动随即也开始再一次的展开。
南方诸军六月之后便基本上停止了大规模的攻击行动，转到了休整期，这三个月间，在兵部的主持和各部的支持之下，秋收结束之后，大规模用兵的粮食问题也得到了解决，南方诸军都积存了充足的作战物资，而且三个月的休整期间，各军都继续加强操练，到了九月间，诸军基本上都称得上是兵精马壮，做好了一切的军事进攻的准备工作。
在兵部的奏请之下，肖天健同意了天元二年冬季南方作战计划，在九月初十这一天，南方诸军全面展开对郑军和永历朝的进攻。
石冉、刘耀本、罗汝才这些主将，得到了圣谕的同意之后，在九月初十这一天，全部开始行动了起来。
石冉以两万精兵从福宁州陆上对福州福发动了攻势，而刘耀本则督师两万余人，从建宁府和邵武府两地两路朝着延平府展开攻势。
而罗汝才则集结三万兵力以韶州府为出发地，直接扑向了广州府，同时在桂林府一带采取小规模的袭扰行动，牵制永历朝在广西的明军救援广东。
至于海师方面，刘江也没有闲着，这几个月间，设在宁波府和南京的两大船厂都在全力为海师打造各种战船，一旦作为国家机器开动起来的时候，大中朝的造船能力便开始突飞猛进，随着大批流散的造船工匠被重新招募组织起来，再加上大中朝也不克扣工匠们的工钱，让这些工匠们重新得到了安生立命之所，顿时便让这些工匠们焕发出了极大的工作热情。
所以两大船厂一经开始造船，工匠们恢复手艺的速度非常快，甚至连一些一经失传的手艺，也被他们重新发掘了出来，再加上大批因为饥荒战祸而流离失所的流民也被招募起来，送入两大船厂充当学徒工，短时间之内两大船厂便形成了几千人以上的大型造船集团，几乎每天都有战船下水，交付给海师使用。
另外传教士带来的欧洲造船工匠也在这两大造船基地走马上任，另外一拨在登州新的造船厂也开始工作，到了九月间，南京和宁波两地的造船厂，都各自造出了一条排水量在一百五十吨百吨左右的双桅快帆船，交付给了海师作为海军训练舰使用，同时还继续开建了两条排水量达到三百吨左右的三桅克拉克帆船，马上也要下水交付使用。
如果不出意外的话，很快这些欧洲造船师将会继续投建改良型的加利恩帆船，一切顺利的话，在今后几年，只要解决了郑家海盗集团的问题之后，便可以打通南洋的航道，从根本上解决造船所用的木料问题之后，大中朝的各大船厂，便会继续开建吨位更大的船只，如此一来，用不了多久，大中朝的战船很快便能在质量上赶上西方国家的帆船了。
所以海师这几个月间实力膨胀的速度非常快，人手方面随着大批海盗的归附，也得到了一定的保障。
最重要的是这些大型的西式帆船解决了大中朝海师战船装载重炮的问题，大大的改善了大中朝海师的战斗力。
以往大中朝海师的战船无法承受重型火炮，只能装载一些老实的火炮，火力上对郑军水师没有优势，但是在这几个月间，两地船厂除了建造新船之外，还对老的战船进行加固，使之可以装载新式的火炮，两条训练舰上，更是都装备了十四门二十四磅短身管火炮，和四门二十四磅长身管加农炮，左右两舷同时可以有七门以上火炮发射，船首和船尾还各有两门加农炮可用，威力已经远超过了大中军之前使用的福船和海沧船。
即便是海师之中的一些新造的福船，也加强了肋骨，使之可以承载新式的火炮，同样也改善了他们的战斗力，使得海师这几个月间，作战力量得到了大幅度的提升。
虽然这些船因为造的比较仓促，不得不适用一些未阴干的木料，这样大大影响了这些新船的使用寿命，使之可能两年的时间便要因为船体木料的变形开裂造成船只的报废，但是眼下作为权宜之计，肖天健还是特准建造这些临时性的战船，来满足海师的使用。
那些来自欧洲的水手们，进入到了海军讲武堂之后，肖天健着令给他们开出了高额的薪俸，这帮欧洲来的水手们也没有敝帚自珍，拿出了看家本事，将他们所知的航海操船的经验传授给了海军讲武堂的学员们。
特别是当两条作为训练舰的双桅快帆船交付给海军讲武堂之后，他们更是如虎添翼，那个喜欢喝酒的荷兰落魄船长舒曼，得到了肖天健的任命之后，也振作了精神，酒虽然没有彻底戒掉，但是却还是减少了喝酒的量，带着那些欧洲水手们，亲自登船带着大中朝海军讲武堂的学员兵出海训练，经过一个月的高强度训练之后，这些学员兵虽然称不上精通操作这些西式帆船，但是却也已经可以驾驶这两条帆船了。
九月份之后，这两条训练舰也被勒令南下到了温州，临时编入到了海军船队之中，作为海军的突击力量使用，就连这些欧洲的教官们，也都在高额的悬赏之下，决定随船出战，帮着大中军海军来操作着两条训练舰，率领这些学员兵参与接下来的作战。
于是九月初十之后，一支由二百余条各型战船组成的大中军海师舰队，便在温州港杨帆出海，直接借着海面上的北风，顺风南下，扑向了福州外海。
九月十九这一天，海陆两路大中军的军队都对福州的郑军发动了猛烈的进攻，郑军虽然早已预料到了这一天的到来，也做了相对充足的准备工作，在陆上和海上，都布置了相当多的兵力和船只，试图再跟大中军来一次对抗。
虽然这几个月来，郑芝龙一直在跟大中朝商谈投降的事情，可是最终问题都卡在了是否可以让郑家保留水师力量上面，郑家始终坚持，要在投顺大中朝之后，继续独掌他们的水师，可是大中朝却坚持郑家不能保留水师力量，仅能保存他们的商船船队，郑家的水军必须要纳入到大中朝海军之内，重新进行编制，这便造成了双方谈判的僵局，结果造成了谈判迟迟不能达成一致。
九月末的时候，福建战事全面展开，大中军数路人马在石冉和刘耀本等大将的率领下，分头对福州府和延平府发动了攻势。
郑家在陆上的兵力虽然到这个时候还有近十万人马，但是郑军陆师的战斗力却根本无法和大中军正面对抗，即便是他们采取据城而守的守势，但是面对着装备了大量新式大口径大炮的大中军的进攻，一座座郑军控制的城池还是迅速的被大中军攻克，大批郑军要么被大中军就地歼灭，要么就只能落荒逃窜，不少郑军眼见打不过大中军，于是一些郑家的军将便选择了投降。
结果是一个月的时间下来，石冉便率军攻至了福州城下，将福州城包围了起来，同时另一面的刘耀本所部，也顺利的攻占了延平府，兵锋直指郑家的老巢泉州府一带。
与此同时实力大增的大中军海军方面，也在海上和郑军水师在福州外海展开了一场大战，这一战刘江将麾下船队分成了两拨，他将船速较慢而且数量众多的福船、海沧船、冬船集中在一起，作为主力使用，在福州外海牵制住了郑家水军，而他采纳了荷兰船长舒曼的建议，将两条训练舰和那些蜈蚣船编成一支分舰队，先布置在远处待命。
就在郑军水师主力和大中军海师主力交手之后，双方都尽可能的想要打垮对方，而一时间谁都拿谁没有办法的时候，舒曼在得到信号之后，则率领着那支分舰队突然间杀入到了战场之中，依靠着分舰队航速快，火炮凶猛的优势，一下子便打乱了郑家水师的布置，郑军猝不及防之下，被大中军海师内外夹击，在福州外海，吃了大败仗，主帅郑芝豹眼看势头不对，立即下令撤退，结果又被大中军海军衔尾追杀，损失了几十条战船。
这一仗下来，大中军海师算是彻底打出了威风，第一次在海上实打实的取得了一场大胜，这对于大中军海军来说，无疑宣告大中军海军，已经拥有了相当的海战能力，起码已经不那么惧怕郑家的水军力量了。
而且这一战郑军惊愕的发现，居然大中军水师之中，出现了西洋人的夹板船的身影，虽然这两条夹板船并不算太大，但是却实实在在的是西洋人才有的夹板船，上面装备的火炮大大超出了郑军水师所用的广船和福船，这无疑对郑军上下的心理打击很大（在这个时代，中国人对于西方国家的大型帆船，统称为夹板船）。
他们在多年和荷兰人以及西班牙人、葡人打交道的经验，让他们知道，西方的夹板船很是厉害，船只坚固高大不说，而且上面装备了众多的火炮，和这样的西式夹板船交战，除了依靠数量上的优势之外，他们很难在海战上取得胜利。
而大中军的两条训练舰虽然还没有时下红毛人常用的那些帆船相比，可是在速度上和火力上，却已经超出了他们所用的战船许多，两条双桅快船出现在海面上之后，依靠着它们的速度优势，在郑家水师之中如入无人之境一般，率领着十余条蜈蚣船（排浆船）左冲右突，很快便打乱了郑家水军的阵型，使得郑军水师很快便陷入到了各自为战的境地之中，加上大中军水师其它战船数量也不少，使得郑军水师一下子便落在了下风，造成了他们这次的大败。
紧接着一个更坏的消息便传到了泉州郑芝龙的耳中，随着福建的战事陷入糜烂的境地中之后，广东方面的战事情况也更加糜烂，在罗汝才率军进攻之下，另一路大中军势如破竹一般的便攻入了广州府，并且在十月初的时候，一举攻克了广州城，广州大批南明守军根本就没有做过多的抵抗，在大中军兵锋之下很快便宣布了投降。
不但广州府被克，就连惠州府、潮州府、肇州府等地的南明守军也纷纷投降大中军，如此一来郑芝龙最担心的事情便出现了，随着广东大部被大中军攻下之后，郑家彻底陷入到了腹背受敌的境地之中，陆上他们可控制的地盘仅剩下了泉州府、漳州府和汀州府三地，而汀州府时下情况也岌岌可危，刘耀本麾下的一个陆军师这个时候，已经开始朝着汀州府进兵，而郑军在汀州府本来就没有多少人马，陷落仅仅是一个时间的问题罢了。