左良玉和麾下的部将们紧张万分，依靠着背后的荆州城，还有密集的水网，将战船都集中在了荆州一带，同时还在荆州城东北的长湖布置了不少战船，以期依靠水上的优势，能克制住刑天军对荆州的进攻。
同时他还派出手下大将，沿着从承天府和荆门县通往荆州的高阳镇、十里堡等地，层层设防，试图牵制刑天军的进兵速度，总之数万人马，都集中到了荆州四边，并且将精锐的骑兵放置在了城西一带，作为机动突击力量，做好了侧击刑天军的准备。
除了作出了死战的态势之外，左良玉还暗中留了一手，以造战船抵御刑天军的名义，催逼着当地的民众，在长江和长湖上为他加紧打造各种船只，停靠在荆州的码头边上，做好了逃走的准备，一旦荆州不保的话，他起码还能从长江上乘船顺流而下，逃往岳阳洞庭湖一带继续盘踞。
可是左良玉对于荆州当地百姓的残暴，早就引起了百姓的仇视，每天都有大批的兵卒趁夜逃离兵营，去投奔刑天军，左良玉为此派亲信不断的追捕这些逃卒，以极其残忍的方式将其处死，可是依旧还是无法阻止这样的情况，整个左良玉麾下的兵卒，士气都十分低落，只有他早年纠集起来的那些旧部，感念左良玉对他们不错，铁了心要跟左良玉誓保荆州。
整个荆州之战是在七月间开始的，肖天健在打下了承天府和荆门县之后，本想是一鼓作气的南下将荆州拿下，可惜的是天不作美，在他们打下荆门的时候，突降大雨，这一场雨下的非常大，到处的水都沟满河平，道路也变得十分泥泞难行，就连汉江也发了大水，使得江面舟船难行，稍有不慎，便船翻人亡。
而刑天军眼下对于火器的依靠比较大，而且随军的重炮、辎重也相当多，在这样的天气里南下攻打荆州，显然会付出相当的代价，于是肖天健也只能望天兴叹，不得不下令在承天府和荆门一带歇兵，等待天气好转，道路干燥之后，再开始南下，否则的话，这么多人马挤在道路上，将会是一场灾难。
即便是如此，这场大雨也让刑天军的部众们有点苦不堪言，因为雨势太大，他们连做饭的柴禾都无法收集到，以至于吃饭都成了问题，将士们有两天只能生吞一些米粮来果腹。
看着天上的大雨如同瓢泼一般，肖天健也很是有点烦心，这么多人马挤在这一带，每天人吃马嚼的要消耗非常多的粮食，而他们虽然不算是太缺乏粮食，但是也经不起这样的消耗，所以每日间他都冒雨在各营之间巡视，一边给将士们打气，一边巡视各种武器的保养情况，特别是对于军中使用的火药的储存非常重视，一旦火药受潮的话，那么就要很长时间得不到补充，这南方的天气，还真是雨水够大的。
这场雨一下就是断断续续的七八天时间，道路始终都泥泞不堪，直到七月初十天气才开始放晴，又过了三天时间，道路才算是干燥了下来，肖天健这才下令开始朝荆州进兵。
在斥候侦知左良玉沿江布置了不少的水军，以图在水上利用他们的优势阻截刑天军南下之后，肖天健毅然下令放弃了走水路朝荆州攻进，全军改走陆路进兵荆州，继续以司徒亮的骑兵部队为先导，在前面打通前往荆州的通道。
而肖天健则率领大队人马在后，拖着众多火炮以及辎重，随后挺进，左良玉在路上派兵沿途不断的对刑天军进行堵截，但是面对着精锐的刑天军人马，往往都是一战而败，基本上没有再拖住刑天军进兵的步伐，使得肖天健领兵在七月中旬抵达了邢州城西北一带。
左良玉好歹还是有点勇气的，在刑天军刚刚抵达荆州城北纪山镇的时候，居然令麾下吴敏师率部对刑天军发动了一次逆袭，想要趁着刑天军初来乍到立足未稳，先给刑天军来个下马威，而他自己也亲自领两万大军，出荆州准备吴敏师一得手，他便挥兵掩杀，将刑天军打回襄阳去。
但是很不幸，吴敏师没有能完成他赋予的神圣任务，到纪山镇之后，仅仅是一交手，便当场被刘耀本麾下的铁骨营拦住了去路，一通排枪过去，吴敏师当即被打下了战马，其麾下兵马一哄而散，结果吴敏师也被刑天军给抓了去，当场削掉了脑袋挂在了高杆之上。
左良玉闻讯二话不说，掉头便回了荆州城，下令依城死守，而肖天健也不客气，利用这少有的几天好天气，继续兵发荆州城。
在大军途径长湖边的时候，左良玉麾下的水军突然登岸，想侧袭刑天军侧翼，可是因为组织不够得力，兵卒不太愿意打仗，登岸之后还没有杀到刑天军跟前，兵卒们便先行自己溃散了，仅剩下了不到三百多左良玉的铁杆旧部，结果是被刑天军一个预备营一个冲锋，便全部干掉在了长湖岸边。
而且肖天健得知消息之后，立即派重炮营拉到长湖岸边，架炮朝着湖面上的左良玉的战船猛轰了一通，打得左良玉布置在长湖的水军立即在湖上作鸟兽散。
但是肖天健进兵还是很不顺利，毕竟荆州乃是四面环水的城池，到处都是大大小小的河道，左良玉利用这里的地形，不断的派兵袭扰刑天军，刑天军不得不小心应付，既便如此，后面的一支辎兵队还是被左良玉的一支人马偷袭成功，烧毁了刑天军的一批粮秣，幸好肖天健派人救援及时，没有造成太大损失，否则的话，这一战还没开打，自己就断了粮秣了。
除此之外，左良玉麾下的一支骑兵，还是试图截断刑天军的粮道，趁着刑天军南下，他们绕道北上，杀奔了荆门县的刑天军储粮的营地，不过好在肖天健在南下的时候，李信提前考虑到了这一点，在这里留守了五百战兵和三百辎兵，另外留下了一个预备营保护这个储粮之地，左良玉的骑兵几次发动突击，都被这些人马击退，丢下了百多具尸体之后，只得无奈的掉头奔回了荆州。
在路上结果又被司徒亮截住厮杀了一番，歼灭了左良玉起码千人左右的精锐骑兵，使得左良玉偷鸡不成有蚀了把米。
左良玉可以说是为了保住荆州城，什么办法都用了，夜袭、偷袭、伏击、掘路、挖壕，但是肖天健这边也见招拆招，步步稳扎稳打，在司徒亮的骑兵和刘耀本的各战兵营的努力之下，一一化解掉了左良玉的这些招数，两方也各有胜负，不过左良玉始终还是没有能阻止刑天军靠近荆州城。
而工兵营在这次南下攻打荆州的行动之中，也居功至伟，他们沿途架桥铺路，为刑天军大队人马打通道路，最终使得刑天军终于抵达荆州城下。
荆州之战至此也拉开了序幕，这一次肖天健可谓是捏紧了拳头，调集了一万多精兵，加上预备营的兵力，使得兵力超过两万余人，还有近两万反水投靠刑天军的左良玉的旧部和当地的百姓助战，整整拉到了荆州城四万多人马。
七月十七，肖天健在布置好了攻打荆州的任务之后，一声令下开始动手，七个战兵营各自率领预备营和助战辅兵，开始对荆州城外发动了进攻。
大战开始之后，整个战场上的炮声、铳声便如同滚雷一般，四面轰鸣了起来，一排排的刑天军火铳手如墙一般在刀牌手的掩护下抵近到荆州城外的左良玉所部的阵线前面，对着左良玉的人马开火，打得左良玉麾下的人马抬不起头，不得不一再后退，放弃他们防守的阵地，而战兵们只要攻下一处防线，大批助战民壮便立即扛着土包掂着工具蜂拥而上，将左良玉部下们垒砌的隘墙扒掉，将挖出的壕沟填埋起来，铺平通往荆州城的道路，使得刑天军的人马可以继续朝前推进。
大批橹车被赶造出来，一批批的投入到战场之中，为进攻的兵马提供掩护，而左良玉也拼了老命的不断的派人反扑，试图阻止刑天军靠近荆州城。
两方从十七日开始，连续在城外激战了三天时间，刑天军各部歼灭了左良玉留在城外的近两万大军，其中大部分都是当场倒戈，开始帮着刑天军掉头对付左良玉的官军，而左良玉最后在刑天军犀利的攻势之下，不得不下令将城外残兵撤入到城中，作出了最后死守荆州城的架势，而城外他设置的各种防御设施，也就此彻底被刑天军清除掉了。
就连他在城西方向留下的三千多骑兵，最后也未能撤入城中，眼看刑天军势大，而且封住了他们撤入城中的去路，贼军的骑兵也相当厉害，留在这里，不但已经帮不上忙了，一不小心便可能会被刑天军给干掉，于是这帮人当即便朝着松滋败逃而去。